Podignut je u drugoj polovini XIV veka na izvoru Sanstefanske reke, kod stene Leskovik na kojoj se nalazio utvrđeni grad. Prvobitno je crkva podignuta kao pridvorna crkva lokalnog velikaša, a kasnije (1399) biva pretvorena u manastir.

Sama crkva ima osnovu trikonhosa sa kupolom, a kasnije su joj na zapadnoj strani dograđeni narteks (1399) i veliki zvonik (1938).

Njen hramovni svetac je bio sveti Stefan. U narodu se odomaćio naziv Lipovačkog manastira kao manastira svetog Stefana, iako je on posvećen Preobraženju Gospodnjem.